18hb Februari 2012 merupakan sejarah buat SMK Kunak Jaya apabila berjaya mengulangi kejayaannya merangkul gelaran JUARA KESELURUHAN kategori sekolah menengah di SMK Kunak setelah memenangi buat pertama kali pada tahun 2011 di SMK Madai. Pada tahun ini SMK Kunak Jaya berjaya menafikan hasrat tuan rumah SMK Kunak untuk merampas kembali gelaran tersebut. Sememangnya tidak dinafikan, usaha yang dilakukan begitu bersungguh-sungguh sehingga pungutan pingat emas, perak dan gangsa kedua-dua pihak begitu sengit dan berterusan ke acara terakhir iaitu 4 x 200m lelaki bawah 18. Setelah ketiga-tiga sekolah menengah SMK Kunak Jaya, SMK Kunak dan SMK Madai bertarung dalam kejohanan tersebut selama 4 hari bermula 15hb Februari 2012, SMK Kunak Jaya dinobatkan selaku Juara Keseluruhan selain merangkul anugerah Olahragawan dan Olahragawati kategori 18 tahun. Tidak disitu sahaja, SMK Kunak Jaya juga berjaya menggandakan kegembiraan warganya apabila Kontinjen Perbarisan SMK Kunak Jaya meraih gelaran Johan